Kegiatan ekstrakurikuler di SMP Negeri 2 Prambanan diselenggarakan dengan tujuan untuk mengembangkan potensi, bakat, minat, kemampuan, kepribadian, dan kemandirian peserta didik secara optimal melalui kegiatan-kegiatan di luar intrakurikuler.

Kegiatan ekstrakurikuler yang dikembangkan dan diselenggarakan satuan pendidikan dan diikuti oleh peserta didik sesuai bakat dan minatnya masing-masing. Kegiatan eketrakurikuler pilihan dilaksanakan pada kelas VI, VIII, dan IX.

Jenis ekstrakurikuler yang diselenggarakan di SMP Negeri 2 Prambanan sebagai berikut :

1. Kepramukaan
2. Karya Ilmiah Remaja (KIR)
3. Palang Merah Remaja (PMR)
4. Karawitan
5. Seni Tari
6. Seni Rupa
7. Seni Hadroh
8. Seni Baca Al-Qur’an
9. Seni Vokal
10. Bola Voli
11. Pencak Silat